المجلس هو السلطة العليا المشرفة على إدارة شؤون الصندوق وتصريف أموره، ويقوم المجلس بمهام عديدة مثل إقرار النظام الداخلي واللوائح الإدارية والتنفيذية وغيرها من اللوائح التي تكون مرجعاً لكل قطاع.
كما يقوم المجلس باعتماد الخطط وإقرار الميزانية السنوية لنشاط صندوق التنمية الزراعية ونفقاته الإدارية، إضافة إلى اتخاذ الإجراءات اللازمة لفتح حسابات لدى مؤسسة النقد والمؤسسات الحكومية المالية في المملكة العربية السعودية.
ويشرف المجلس على وضع الحدود القصوى لقيمة أنواع القروض، كما يحدد مدة السماح لكل القروض، وكذلك إعادة جدولة سداد المتعثر.
